Also unter "Beizen" verstehe ich wohl etwas anderes als Du. In meinem Sprachgebrauch ist "Beizen" das Einlegen in einer Sauce, Wein, Kräuter, etc.. Je nach Säuregrad, gart der Fisch ganz langsam. Das ist dann in meinen Augen nicht mehr roh.
Der Fisch wird so sauber sein, wie Du ihn putzt

Krankheiten kann es trotzdem immer mal geben, egal wie sauber/schmutzig das Wasser ist.
Der Zürichsee hat Trinkwasserqualität, insofern sollte es nicht an dessen Qualität liegen. In allen Seen, in welchen man in der Schweiz schwimmen darf, sollten auch genug sauber sein um die Fische roh essen zu können.